Dal luglio 2004 fino al 28 settembre 2007 è stato General Manager di SmackDown.
Ebbe un lungo feud con l'ex WWE Champion John Bradshaw Layfield, contro il quale scagliò contro diversi wrestler. Dovette superare un ulteriore ostacolo quando Carlito organizzò una petizione per chiedere alla dirigenza il licenziamento di Long; Linda McMahon ed il consiglio WWE diedero comunque un voto di fiducia per Long.
Dopo la Draft Lottery 2005, quando il WWE Champion John Cena fu selezionato per andare nel roster di Raw, SmackDown rimase senza un campione del mondo. Nel corso delle successive settimane, Long organizzò un match ad eliminazione con 6 wrestlers (6-man elimination match) per determinare il nuovo campione dello show, che vide uscire vincitore JBL. Nel momento in cui Bradshaw stava celebrando la vittoria, Long annunciò che non c'era più bisogno di un nuovo campione di SmackDown poiché l'ultimo cambio ottenuto con la Draft Lottery fu il World Heavyweight Champion Batista.
Guidò il roster di SmackDown nella lunga faida contro il roster di Raw durante il 2005. Sconfisse inoltre l’allora General Manager di Raw Eric Bischoff a Survivor Series 2005 con l’aiuto determinante di The Boogeyman.
Il 6 marzo 2006 annunciò a Raw che il Money in the Bank Ladder Match di Wrestlemania 22 sarebbe stato un match interpromozionale a cui avrebbero partecipato sia wrestler di Raw sia wrestler di SmackDown. Successivamente annunciò che il vincitore del Money in the Bank avrebbe potuto affrontare il campione di Raw o quello di SmackDown.
Al pay-per-view Judgement Day 2006 Long licenziò Melina e Johnny Nitro da SmackDown (kayfabe). Nella successiva puntata di SmackDown anche JBL subì la stessa sorte, anche se venne poi riassunto come commentatore.
